VLANN писал(а):
Более того, у человека нет ЭРВ, проявляющих вирусную активность. И даже, вроде бы, нет таких ЭРВ, которые сохранили бы функции транспозонов.
Читаем википедию:
Цитата:
Thousands of endogenous retroviruses exist in human DNA. HERVs make up 98,000 elements and fragments—nearly 8%—of the human genome.[7] According to a study published in 2005, no HERVs capable of replication had been identified; all appeared to be defective, containing major deletions or nonsense mutations. This is because most HERVs are merely traces of original viruses, having first integrated millions of years ago. However, one family of viruses has been active since the divergence of humans and chimpanzees. This family, termed HERV-K (HML2), makes up less than 1% of HERV elements but is one of the most studied. There are indications it has even been active in the past few hundred thousand years, e.g., some human individuals carry more copies of the virus family than others [8]. Traditionally, age estimates of HERVs are performed by comparing the 5' and 3' LTR of a HERV; however, this method is only relevant for full-length HERVs. A recent method called cross-sectional dating [9] uses variations within a single LTR to estimate the ages of HERV insertions. This method is more precise in estimating HERV ages and can be used for any HERV insertions. Cross-sectional dating has been used to suggest that two members of HERV-K(HML2), HERV-K106, and HERV-K116 were active in the last 800,000 years and that HERV-K106 may have infected modern humans 150,000 years ago [10]. However, the absence of known infectious members of the HERV-K(HML2) family, and the lack of elements with a full coding potential within the published human genome sequence, suggests to some that the family is less likely to be active at present.
То бишь нынче они все "мёртвые", однако имеют место быть общие для человека и шимпанзе ретровирусы семейства HERV-K (HML2), которые были активны ещё 800 тысяч лет назад, то бишь заметно позже разделения человека и шимпанзе. Видимо, в оригинале имелись в виду именно эти ЭРВ.
А вот ежели мы говорим об алу-повторах (каковые суть не ретровирусы, а ретротранспозоны и ретровирусами никогда не были), то
та же википедия пишет, что они вполне себе активны:
Цитата:
Alu elements are a common source of mutation in humans, but such mutations are often confined to non-coding regions where they have little discernible impact on the bearer[11]. However, the variation generated can be used in studies of the movement and ancestry of human populations[citation needed], and the mutagenic effect of Alu[12] and retrotransposons in general[13] has played a major role in the recent evolution of the human genome. There are also a number of cases where Alu insertions or deletions are associated with specific effects in humans:
[edit]Associations with human disease
Alu insertions are sometimes disruptive and can result in inherited disorders. However, most Alu variation acts as markers that segregate with the disease so the presence of a particular Alu allele does not mean that the carrier will definitely get the disease. The first report of Alu-mediated recombination causing a prevalent inherited predisposition to cancer was a 1995 report about hereditary nonpolyposis colorectal cancer.[14]
The following human diseases have been linked with Alu insertions:[15]
VLANN писал(а):
Во-первых, сказать, какие мутации нейтралны, а какие нет, очень сложно. Считалось, что такими являются, например, синонимичные однонуклеотидные замены, но недавно выяснилось, что разные синонимичные кодоны обеспечивают разную скорость синтеза белкового продукта, т.е. они на самом деле не равнозначны с физиологической точки зрения.
А ещё они температуру плавления ДНК изменяют. Я так полагаю, вопрос в количественном выражении полезности и вредности. Ежели у нас есть популяция, а в ней генетический дрейф, то все те мутации, которые обладают воздействием на приспособленность меньше, чем 1/N (где N - эффективная численность, которая, как мы видели, может быть заметно ниже фактической численности), попросту не будут отличимы от нейтральных по интенсивности отбора, и мы никогда не сможем измерить этот эффект для одной такой мутации. Сейчас идут споры, насколько важен кумулятивный эффект от очень слабовредных мутаций (скажем, есть такая модель, как храповик Мюллера (англ. Muller's ratchet)), но, насколько я понимаю, для чисто "биоинформатических" целей такие мутации можно смело считать абсолютно нейтральными.
VLANN писал(а):
Во-вторых, в разных участках ДНК даже у одного организма скорость мутирования очень различается, что представляет большую проблему, в частности, для метода "молекулярных часов" - ведь сначала ученые представляли себе процесс накопления мутаций именно как равномерно тикающие часы, а оказалось, что "часов" много - каждый ген представляет собой отдельные, по-своему настроенные, "часы".
Ключевое слово - ген. Я так понимаю, когда строят молекулярные часы по генам (различные цитохромы, рибосомальные РНК и т. п.) - то пытаются измерить большие расстояния на древе жизни. Скажем, между человеком и свеклой или хотя бы между человеком и пингвином. То бишь неработающие последовательности за такие времена превращаются в хлам (а то и вовсе исчезают), и остаётся уповать на работающие гены, которые всё же изменяются, но заметно медленнее, именно потому, что они нужны клетке, и большинство мутаций в них отсеивается. И ясен пень, поскольку каждый ген обладает разной критичностью и разным "допуском" по мутациям, то и скорость эволюционных изменений будет разительно отличаться. По-хорошему даже в одном гене различные позиции обладают разной важностью и оттого эволюционируют с различной скоростью. Это и позволяет охватить молекулярными часами весь диапазон расстояний на древе жизни, подобно тому, как различные радиоизотопы охватывают различные диапазоны времён в геологической летописи.
А вот ежели мы говорим об человеке и шимпанзе, то бишь видах, разделившихся совсем недавно - то в этом случае достаточно рассмотрения только нейтральных (неработающих) последовательностей, и можно быть уверенными, что скорость мутирования ещё не успела сколько-либо сильно измениться.
VLANN писал(а):
Еще, наверное, стоит упомянуть, что скорость мутирования митохондриальной ДНК заметно выше, чем ядерной.
Разумеется. На то они и прокариоты.
VLANN писал(а):
А у прокариот вообще весело оказалось: у них бывают мутации, повышающие скорость мутирования на порядок и более. Так случилось, например, в этом эксперименте:
Я так понимаю, у эукариот (особенно многоклеточных) такого нет потому, что у них и так уже скорость мутации на пределе. То бишь повысить они её не могут оттого, что будут болеть наследственными болезнями, а понизить не могут оттого, что понижать дальше некуда (или же слишком дорого).
Владимир Давыдов писал(а):
1-2% это одна-две мутации на 100 нуклеотидов. Это сохранившиеся не летальные мутации, а сколько было мутаций летальных? Трудно себе представить. Даже если взять цифру с потолка в 1000 раз это как я уже подсчитывал 4500 замен на участок в 300 нуклеотидов.
Неправильно вы считаете. Видимо, всё же вы не прочитали или не осознали, что я вам писал. Большинство мутаций нейтральны, а летальных мутаций с гулькин нос. Ежели бы было так, как вы посчитали, каждый человек при зачатии получал бы 60 000 (!) летальных мутаций. Куда уж там кошкам с их девятью жизнями.
Владимир Давыдов писал(а):
Тогда по идее эта общая ЭРВ должна была мутировать в хлам.
1-2% - это не хлам.
Владимир Давыдов писал(а):
То есть Вы хотите сказать, что почти все когда либо произошедшие мутации сохранились?
Я хочу сказать, что почти все когда-либо произошедшие мутации были нейтральны. Сохранились же среди всех мутаций, которые появлялись у всех особей людей, только те, которым повезло по закону Кимуры, а также полезные мутации, каковых было не в пример меньше.
Владимир Давыдов писал(а):
Учитывая, что ДНК шимпанзе не расшифрован полностью
Неправда.Владимир Давыдов писал(а):
Учитывая, что у человека на одну хромосомную пару меньше (а это уже около 4%)
Ну кагбе так и говорится - слияние двух хромосом. При этом ДНК как таковая может вовсе не потеряться, просто вместо двух коротких хромосом будет одна длинная. Сколько ДНК потерялось в действительности - это известно, надо только поискать.
Владимир Давыдов писал(а):
Интересно зачем сравнивать неработающую часть генома? Или все таки сравнивалась работающая часть генома?
А зачем вы смотрите на всю картинку на мониторе, и ещё на окружающую действительность, а не только на буквы? Вот приблизительно для этого же. Видя, как меняется "нейтральная" часть генома, мы можем сделать много полезных выводов о том, что вообще происходит с геномом, и это нам, в частности, поможет понять, что происходит со "значащей" частью генома. Не говоря уже о том, что доподлинно отделить незначащие участки от значащих не всегда возможно.
Касаемо значащих мутаций - я где-то встречал такую цифру, что у человека по сравнению с шимпанзе их насчитали 30 000. Какой процент из них полезных мутаций - насколько я понимаю, пока что никто не знает.
Владимир Давыдов писал(а):
Меня интересует именно количество всех мутаций происходивших когда-либо... Сколько унес естественный отбор?
Ну я же вам ещё давно всё расписал. Общее количество мутаций за промежуток времени равно количеству мутаций на человека на поколение, умноженному на количество людей и количество поколений. Ежели принять, что людей за эти 6 миллионов лет было в среднем миллион, то получается, что мутаций всего было 18 триллионов. Не включая, разумеется, соматические мутации. А закрепились из них, как и положено, 18 миллионов мутаций и столько же у шимпанзе (плюс-минус).